Foldit meglio dei laboratori: gli utenti del videogioco mettono a punto (senza sforzo) una nuova proteina


Una schermata del videogame FolditUna schermata del videogame Foldit

La crowdsourcing science ha colpito ancora. Questa volta è stata rimessa insieme una proteina, dandole una configurazione migliore, più utile per il lavoro di catalizzatore dei processi che la molecola deve svolgere. Il risultato che i ricercatori non riuscivano a individuare nonostante molti sforzi è stato ottenuto con pochissima fatica da una folla di giocatori online del videogame Foldit.

Proprio così: a definire la nuova struttura della proteina non sono stati gli scienziati nei laboratori ma 240.000 appassionati che si sono dati da fare senza alcun compenso e senza muoversi dalla propria stanza. Solo qualche mese fa aveva stupito tutti la scoperta, attraverso lo stesso sistema, della struttura di un enzima coinvolto nella trasmissione dell’Aids. Il nuovo traguardo è stato immediatamente accettato dagli scienziati incaricati di rivedere i risultati dei lavori e pubblicato da Nature Biotechnology.

Foldit

Image via Wikipedia

Certo, Foldit è un videogioco creato apposta per studiare la forma delle proteine dal biologo americano David Baker, della University of Washington di Seattle e dal direttore del Center for Game Science Zoran Popovic, che poco più di un anno fa avevano lanciato questa nuova forma di ricerca scientifica diffusa. Ma il bello è che per poterlo usare non è necessario avere una laurea o aver mai messo piede in un istituto di ricerca. Bastano abilità, intuito, magari un po’ di passione. Le proteine, infatti, sono strutture molto complicate, fatte da sequenze di aminoacidi che si possono disporre in molti modi diversi, ripetere, e poi torcere e ripiegare in infiniti modi. La configurazione della proteina e il modo in cui è più o meno aperta, può cambiare decisamente le sue qualità. Fino a ieri con Foldit si era riusciti a definire meglio solo la forma delle molecole, il loro modo di ripiegarsi, mentre adesso si è passati a cambiare proprio il loro design. Gli scienziati hanno posto ai giocatori due problemi: rimodellare uno degli anelli di un aminoacido della proteina in modo da consentire un miglior contatto con i reagenti con cui deve interagire e poi trovare una forma che rendesse stabile questo anello.

Dal lavoro dei giocatori sono saltate fuori parecchie decine di migliaia di soluzioni tra cui selezionare le più efficienti. «Io ci ho lavorato per due anni e non sono riuscito a migliorare questo enzima, e ancora non capisco bene come ci siano riusciti i giocatori di Foldit», ha ammesso Justin Siegel, post-doc del gruppo di lavoro di Baker.

In realtà Foldit è solo l’ultimo di una serie di esperimenti in cui gli scienziati hanno cercato, quasi sempre con successo, di coinvolgere persone normali esterne a loro mondo per farsi aiutare dove da soli non sarebbero riusciti ad arrivare. Cominciò il progetto Seti, per la ricerca della vita extraterrestre, chiedendo di mettere a disposizione semplicemente una quota della potenza di calcolo del proprio pc quando non era utilizzata, per esempio durante la notte. Ma ci sono state ricerche per identificare le parole contenute nei codici antichi condotte grazie ai captcha, ossia alla richiesta di riscrivere le lettere che si vedono sullo schermo che i siti di solito adottano per essere sicuri di avere a che fare con una persona e non con un programma. C’è chi aiuta a riesaminare le immagini scattate dal telescopio spaziale Hubble o quelle del programma per la ricerca di pianeti extrasolari. È questa che viene chiamata crowdsourcing science, la scienza che viene dalla folla, o più semplicemente citizen science. Anche se poi il ruolo dei ricercatori resta fondamentale per discriminare i risultati.

La nuova proteina trovata dal gruppo del professor Baker non ha una immediata utilità, ma lo scienziato ha già ben chiaro il prossimo traguardo. Stavolta si fa sul serio, perché la ricerca punterà a realizzare molecole che possano funzionare come farmaci. Partendo dalle proteine individuate lo scorso anno e capaci di legarsi al terribile virus dell’influenza Spagnola si tenterà di mettere a punto molecole molto più efficaci e potenti per impedire all’influenza di tornare a uccidere. Bloccare i virus, infatti, è una delle azioni più difficili che si possano chiedere a una medicina e solo inventando nuove configurazioni delle molecole c’è la speranza di trovare quella giusta.